主动退学
学生登录网站下载并填写《南方科技大学本科生主动退学审批表》，附相关证明。各相关部门签署以后后，由教学工作部最后审批其退学申请。如退学申请通过，学生完成《学生离校审批表》，教学工作部开具《退学证明》。如学生需申请肄业证书，填写《肄业证书申请书》，教学部审核其完成课程是否达到肄业标准，如达到颁发其《肄业证书》。肄业条件：已修完第一学年全部课程的学生，或第一学年累计已获30学分以上。
学校对学生做退学处理
2016年（含）以前入学的学生：春、秋季学期开学后，教学工作部根据学生学业情况给出学籍处理意见，对累计两次达到学业警示标准（一个学期得到的学分低于9个的）的学生下达《退学通知书》。学生接到退学通知后，如有异议可在接到通知的在规定期限内向“学生申诉委员会”提出申诉，由其进行审议和仲裁，并以书面形式送达学生审议和仲裁的结果。如超过申诉期，学校将不再受理学生的申诉请求。若学生未在规定时间内申请申诉或申诉结果是维持退学结果的，需到教学办公室办理退学手续。学生完成《学生离校审批表》的各项内容后，教学工作部注销学生学籍,开具《退学证明》办理户口转移手续后，方可离校。（学生如不完成上述相关手续，将影响以后再次入学。）
2017年以后入学的学生：春、秋季学期开学后，教学工作部根据学生学业情况给出学籍处理意见，对累计三次达到学业警示标准（一个学期得到的有效学分低于9个的）的学生下达《退学通知书》。学生接到退学通知后，如有异议可在接到通知的在规定期限内向“学生申诉委员会”提出申诉，由其进行审议和仲裁，并以书面形式送达学生审议和仲裁的结果。如超过申诉期，学校将不再受理学生的申诉请求。若学生未在规定时间内申请申诉或申诉结果是维持退学结果的，需到教学办公室办理退学手续。学生完成《学生离校审批表》的各项内容后，教学工作部注销学生学籍,开具《退学证明》办理户口转移手续后，方可离校。（学生如不完成上述相关手续，将影响以后再次入学。）
如学生需申请肄业证书，需填写《肄业证书申请书》，教学部审核其完成课程是否达到肄业标准，如达到颁发其《肄业证书》。肄业条件：已修完第一学年全部课程的学生，或第一学年累计已获30学分以上。
学生转学
1.学生本人填写《南方科技大学本科生转学申请表》，并将申请表附转学原因证明材料提交至教学工作部。
2.教学工作部审核学生转学申请和证明材料。经审批通过的申请进行为期7日的校内公示。公示无异议后，学校正式开具公示情况及结果证明，由分管校领导在《广东省普通高校转学备案表（本专科生）》中的转出学校意见栏上签字，并加盖学校公章。学生持以上材料向拟转入学校提出转入申请。
3.学生在获得拟转入高校的接受函后及其他要求的转学资料后，向教学工作提交。
4.教学工作部根据广东省教育厅要求提交相关资料通过后，在学信网上变更学籍。